了解軟式內鏡在內鏡清洗中心的移動流程有利于清洗的徹底性，軟式內鏡洗消機生產商有利于避免出現交叉感染的情況發生。內鏡清洗中心運行中內鏡器械應該是單向流動的，經過去污區后再進入清潔區，各項清潔步驟完成后再進入到存儲區域。嚴格遵照清洗流程有利于控制污染物和防止損害內鏡，因此內鏡清洗中心工作流程模式的設計合理性就非常重要了。

內鏡清洗中心的溫濕度、環境清潔、員工服裝、交通和安全應該符合具體方案和流程，這不僅僅更利于軟式內鏡的清洗效果，也可提高清洗效率，減少器械周轉問題的發生，對于內鏡清洗的工作人員來說也是對他們的一種保護措施。醫療環境中，內鏡清洗中心和護理區和手術室應該是分隔開的，該區域只能進行內鏡再處理，從收到內鏡到儲存供下一位患者使用的整個流程中要保證單方向由污到潔，這是清洗中心應該明確做到的。
軟式內鏡進入內鏡清洗中心，為保證清洗不會對器械造成損傷應該先確保能夠經受住經常性的清洗和消毒，并且明確具體的清洗方式，是否需要高水平的消毒或滅菌，而后按照規范清理流程使內鏡在清洗中心單向流動。

內鏡檢查、內鏡清洗中心的人員配置、工作流程要合理，以便有足夠的時間和資源遵守所有的感染預防方案。其次所設立的清洗中心應該有足夠的空間，以便有足夠的時間和資源遵守所有的感染預防方案，以供工作人員自由活動，避免導致內鏡的清

潔區域和污染區域交叉污染。

軟式內鏡與硬式內鏡在內鏡清洗中心應該做到物理隔離，分別通過兩個獨立的房間來實行再處理，如果實際情況有限制無法提供兩個房間，那內鏡的單向處理程序應該更加嚴格，并且處理過程中一定按照程序進行，避免交叉感染。此外在內鏡的手工清潔步驟，為控制清洗時產生的污染物區域也要以墻或隔墻隔開。

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